Historia Centralnego Laboratorium Kryminalistycznego Policji jest związana z powstaniem kryminalistyki, której rozwój na początku XX wieku znacznie usprawnił proces wykrywczy i przyczynił się do tworzenia laboratoriów i instytutów kryminalistycznych. Polska Policja Państwowa już w roku 1919 w wydziale IV Komendy Głównej Policji Państwowej zaczęła tworzyć zbiory kryminalne kart daktyloskopijnych, broni palnej, narzędzi włamywaczy, falsyfikatów, zdjęć z miejsc zbrodni, fotografii przestępców i ich negatywów. W rozkazie Komendanta Głównego nr 12 z dnia 4 października 1919 roku polecono przesyłać wszelkie przedmioty i narzędzia do KGPP, w celu dokonania ich oględzin pod kątem ujawnienia śladów linii papilarnych oraz zabezpieczone na miejscach przestępstw ślady linii papilarnych. W rozkazie nr 118 z 10 maja 1921 roku w strukturze KGPP w Wydziale IV Rejestracyjno-Pościgowym, w dziale IV-a wymienione są komórki Rejestr karny, Daktyloskopia, Fotografia oraz w dziale IV-b komórka – Laboratorium. W rozkazie nr 162 z 27 kwietnia 1922 roku w strukturze KGPP w Wydziale IV Rejestracyjno-Pościgowym, w dziale IV-b wymienione są następujące komórki: Rejestracja i klasyfikacje karne, Ekspertyza, Daktyloskopia i fotografia. Kolejną informację dotyczącą laboratorium policyjnego przy Wydziale IV Komendy Głównej Policji Państwowej można odnaleźć w rozkazie nr 389 KGPP z dnia 21 stycznia 1928 roku, zgodnie z którym zakres jego działania obejmował:
-
identyfikację wszelkich śladów w sprawach kradzieży (ślady linii papilarnych, nóg, zębów, narzędzi do włamań, itp.)
-
identyfikację broni palnej na podstawie pocisków i łusek znalezionych na miejscu przestępstwa
-
identyfikację narzędzi do cięcia (siekier, toporów, itp.)
-
ustalanie sposobów i środków fałszowania dokumentów
-
ekspertyzy pisma maszynowego
-
ekspertyzy pisma ręcznego z wyłączeniem ekspertyz w sprawach mało ważnych anonimów.
Nie wykonywano wówczas w Laboratorium Policyjnym badań śladów krwi, włosów, kału, itp., oraz ekspertyz daktyloskopijnych, które wykonywane były przez Referat Rozpoznawczy Centrali Służby Śledczej. Laboratorium Policyjne posiadało również własną salę wykładową i sale ćwiczeń kryminalistycznych, gdzie prowadzono intensywną pracę szkoleniową dla słuchaczy Oficerskiej Szkoły Policyjnej i kursów śledczych. Poza policjantami szkolono asesorów sądowych i sędziów śledczych, a także odbywały się tam wykłady specjalne z zakresu techniki kryminalistycznej dla instruktorów pocztowej służby ochronnej. Wykładano tam kryminalistykę w ramach Seminarium Kryminalistycznego Uniwersytetu Warszawskiego. Na podstawie rozkazu nr 646 Komendanta Głównego Policji Państwowej z dnia 28 lutego 1935 roku Laboratorium Policyjne przydzielono do Wydziału V Komendy Głównej. Siedziba Laboratorium znajdowała się przy ulicy Ciepłej 13 w Warszawie. Zakres zadań nie uległ zmianie w stosunku do zawartego w rozkazie z 1928 roku. Centralna Registratura Daktyloskopijna działająca w strukturze Centrali Służby Śledczej, w roku 1937 posiadała zbiór 635.000 kart daktyloskopijnych.
Pierwszą placówką kryminalistyczną, która powstała w powojennej Polsce, była Sekcja Naukowo-Technicznej Ekspertyzy działająca od 1945 roku w Wydziale Służby Kryminalno-Śledczej KG MO. Wykonywała ona jedynie badania daktyloskopijne oraz dokumentów. Po kilku latach uruchomiono w niej następne działy badań (broni palnej i mechanoskopii). Sekcja ta została zlikwidowana w 1949 roku. Fakt ten niekorzystnie wpłynął na pracę dochodzeniowo-śledczą MO, ponieważ badania kryminalistyczne wykonywano tylko sporadycznie, w trakcie postępowania przygotowawczego prowadzonego przez MO.
W 1954 roku w Oddziale Śledczym KG MO zorganizowano Wydział Naukowo-Techniczny, składający się z Sekcji Terenowej oraz Laboratorium Ekspertyz. 15 maja 1955 roku został utworzony Zakład Kryminalistyki w Oddziale Śledczym KG MO. Zakład ten był placówką usługową, nastawioną na wykonywanie ekspertyz przede wszystkim dla resortu spraw wewnętrznych. Miał nieliczną kadrę ekspertów i skromne wyposażenie techniczne. Rok utworzenia jest również początkiem działalności wydawniczej zakładu. Wydawano wówczas "Biuletyn" poświęcony zagadnieniom taktyki i techniki śledczej, który następnie przyjął nazwę "Problemy Kryminalistyki". Rozpoczęto także wydawanie serii z zakresu kryminalistyki pod tytułem "Biblioteka Kryminalistyczna". Zakład prowadził również działalność szkoleniowo-dydaktyczną, wykłady w dwuletniej Oficerskiej Szkole MO w Legionowie itp.
W roku 1958 zmieniono nazwę placówki na Zakład Kryminalistyki KG MO o randze oddziału. Wraz ze zmianą nazwy rozszerzono merytoryczną działalność zakładu, co zwiększyło jego samodzielność. Równolegle z przebudową placówki sukcesywnie rozbudowywano terenowe ogniwa kryminalistyczne, wyposażając je w odpowiedni sprzęt techniczny. Z czasem Zakład Kryminalistyki KG MO stał się największą w kraju placówką naukowo-badawczą z zakresu kryminalistyki i miał decydujący wpływ na rozwój tej nauki w sferze praktycznej i teoretycznej.
Jednym z ważniejszych wydarzeń świadczących o wzrastającej randze naukowej zakładu było powołanie w 1985 roku Rady Naukowej. Do zadań Rady Naukowej należało m.in. inicjowanie i wytyczanie ogólnych kierunków prac naukowo-badawczych, ich doskonalenie, sprawowanie naukowego nadzoru nad działalnością badawczą, ocena wyników wdrażania do praktyki kryminalistycznych metod naukowo-badawczych i ich metodologiczna weryfikacja. Istotne były również zadania koordynacyjne programów naukowo-badawczych poszczególnych ośrodków kryminalistycznych oraz prac naukowo-badawczych osób reprezentujących konkretne dziedziny nauki. Rada Naukowa sformułowała m.in. postulat utworzenia Instytutu Kryminalistyki.
W kwietniu 1989 roku Minister Spraw Wewnętrznych Zarządzeniem nr 25/89 powołał Instytut Kryminalistyki MSW podległy Komendantowi Głównemu Milicji Obywatelskiej. Instytut odegrał szczególnie znaczącą rolę w rozwoju kryminalistyki. Mimo oczywistego postępu, kryminalistyka jako nauka nie rozwijała się z jednakową szybkością we wszystkich swych działach, tzn. technice i taktyce ścigania przestępstw. Trzeba przy tym dodać, że w Polsce nie było jednostki naukowo-badawczej zajmującej się w sposób kompleksowy oboma działami. Tę właśnie funkcję przejął instytut. Był on odpowiednio do tego przygotowany zarówno pod względem kadrowym, jak i technicznym. Zatrudnieni tu pracownicy reprezentowali różne dyscypliny naukowe. Wyposażenie techniczne (aparatura produkowana przez najlepsze firmy światowe) przyczyniło się do tworzenia oryginalnych konstrukcji własnych bądź doskonalenia już istniejących. Szczególnie istotne było opracowanie i wdrożenie do praktyki metody oznaczania DNA, pozwalającej na podstawie śladów biologicznych identyfikować człowieka. W placówce nastąpił także rozwój technik laserowych służących do wizualizowania śladów kryminalistycznych; skomputeryzowane zostały metody badawcze w czynnościach daktyloskopijnych, fizykochemicznych, mechanoskopijnych czy związanych z bronią palną. W instytucie powstały nowe, oryginalne metody badawcze określania wieku śladów linii papilarnych, identyfikacji mowy, odtwarzania wyglądu człowieka na podstawie niekompletnych cech antropologicznych. Instytut Kryminalistyki wspólnie z podległymi sobie wydziałami terenowych jednostek Milicji Obywatelskiej wykonywał ponad 96% ogółu ekspertyz w sprawach karnych na zlecenie organów ścigania i wymiaru sprawiedliwości. Należy również zaznaczyć, że każdego roku wykonywane były ekspertyzy i badania niezwiązane z przestępczością, a służące rozwiązywaniu problemów ważnych dla gospodarki narodowej, techniki, historii sztuki, służby zdrowia itp. Instytut prowadził ścisłą współpracę z placówkami i specjalistami reprezentującymi inne dziedziny nauki, np. Polską Akademią Nauk, Instytutem Ekspertyz Sądowych, Wojskową Akademią Techniczną, Instytutem Fizyki Plazmy i Laserowej Mikrosyntezy, uniwersytetami, politechnikami, zakładami medycyny sądowej Akademii Medycznych i wieloma innymi placówkami naukowymi w kraju i za granicą.
W 1990 roku w wyniku reorganizacji struktur Ministerstwa Spraw Wewnętrznych, której efektem była między innymi likwidacja Milicji Obywatelskiej i powołanie Policji, rozwiązano Instytut Kryminalistyki MSW, tworząc Biuro Techniki Kryminalistycznej KGP oraz Centralne Laboratorium Kryminalistyczne Policji. Obydwie te instytucje połączono w roku 1991, powołując Oddział Centralnego Laboratorium Kryminalistycznego Departamentu Policji Kryminalnej, który w 1992 roku przekształcono w Centralne Laboratorium Kryminalistyczne KGP funkcjonujące na prawach biura Komendy Głównej Policji i podległe bezpośrednio Komendantowi Głównemu Policji.
W pierwszej połowie lat 90. na skutek likwidacji żelaznej kurtyny i otwarcia krajów byłego Układu Warszawskiego, w tym Polski, na pozostałe kraje europejskie, zainicjowano proces informatyzacji policyjnej kryminalistyki. Jednym z głównych kierunków rozwoju CLK KGP stało się wdrażanie nowych metod badawczych wykorzystujących nowoczesną, wysokospecjalistyczną aparaturę oraz tworzenie centralnych informatycznych baz danych i kartotek kryminalistycznych. W ramach tych działań uruchomiono Krajową Sieć Systemu Automatycznej Identyfikacji Daktyloskopijnej AFIS oraz Automatycznego Systemu Identyfikacji Broni ASIB i wczesnego ostrzegania o nowych narkotykach. Utworzona została Krajowa Baza Danych DNA (2007) i baza oznaczeń identyfikacyjnych pojazdów VIN; wdrożono także projekt FAVI. W najbliższych latach przewiduje się rozbudowę już istniejących baz danych oraz tworzenie nowych, umożliwiających szybkie typowanie i identyfikację sprawców przestępstw kryminalnych, takich jak katalog wzorów obuwia oraz baza elektronicznych instrumentów płatniczych.
W dniu 30 września 2010 roku weszło w życie Rozporządzenie Ministra Spraw Wewnętrznych i Administracji w sprawie powołania jednostki badawczo-rozwojowej, która z mocy prawa z dniem 1 października 2010 roku stała się instytutem badawczym pod nazwą Centralne Laboratorium Kryminalistyczne Policji. Po przeprowadzeniu koniecznych zmian w strukturach organizacyjnych Policji, w dniu 1 kwietnia 2011 roku Centralne Laboratorium Kryminalistyczne Komendy Głównej Policji zakończyło swoją działalność, a wszelkie jego zasoby zostały przekazane do nowo utworzonego Instytutu Badawczego - Centralnego Laboratorium Kryminalistycznego Policji.
Od 1 kwietnia 2022 r. Instytut Badawczy CLKP został przekształcony w jednostkę organizacyjną Policji – Centralne Laboratorium Kryminalistyczne Policji, które posiada kompetencje w zakresie nauk kryminalistycznych oraz metod i technik badawczych stosowanych w procesie identyfikacji i zapobiegania przestępczości. Głównym obszarem działalności laboratorium jest wykonywanie opinii kryminalistycznych na potrzeby organów ścigania i wymiaru sprawiedliwości, prowadzenie baz kryminalistycznych, nadzór nad policyjnymi laboratoriami kryminalistycznymi w kraju, utrzymanie systemu zarządzania jakością, jak również prowadzenie działalności naukowo – badawczej.
Centralne Laboratorium Kryminalistyczne realizuje zadania Komendy Głównej Policji w zakresie technicznokryminalistycznego zabezpieczenia procesu zapobiegania i zwalczania przestępczości między innymi przez wykonywanie prac badawczo-wdrożeniowych, porównawczych i eksperckich w dziedzinie kryminalistyki. Koordynuje i nadzoruje wykonanie zadań przez jednostki Policji w sferze techniczno-kryminalistycznej obsługi miejsc zdarzeń. Opracowuje metody, normy i standardy pracy techniki kryminalistycznej w Policji oraz nadaje i weryfikuje uprawnienia do samodzielnego opracowywania ekspertyz i wydawania opinii kandydatom na ekspertów kryminalistyki. CLKP wdrożyło system zarządzania zgodny z normami PN-EN ISO 9001:2009 i PN-EN ISO/IEC 17025:2005. Działa na forum międzynarodowym, uczestnicząc w ramach ENFSI (Europejska Sieć Instytutów Nauk Sądowych) w opracowywaniu metodyk badawczych i procedur postępowania na miejscach zdarzeń.